دوره آموزشی داکینگ مولکولی Molecular docking

دوره آموزشی داکینگ مولکولی Molecular docking توسط عضو هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی مشهد با همکاری دپارتمان آموزشی- پژوهشی ساینس بازار برگرار میشود. داکینگ مولکولی یا اتصال مولکولی نقش مهمی در مراحل اولیه توسعه دارو و تحقیقات زیست‌شناسی مولکولی ایفا می‌کند. شما پژوهشگران محترم و دانشجویان گرامی تحصیلات تکمیلی میتوانید با شرکت در این دوره آموزشی از گواهی معتبر از مرکز زیست فناوری نیز بهره مند شوید.

 سرفصل های دوره آموزشی:

1- مقدمه ای بر داکینگ مولکولی:

تعريف داکینگ مولکولی و اهمیت آن در طراحی دارو

اصول و مفاهیم پایه تعاملات مولکولی

انواع داکینگ از جمله Rigid docking, Flexible docking, Induced fit docking

نرم افزارهای رایج در داکینگ مولکولی

2- آماده سازی ساختار های مولکولی:

دانلود ساختارهای پروتئین از پایگاه داده های PDB

آماده سازی ساختارهای لیگاند با استفاده از نرم افزارهای شیمیایی

بررسی کیفیت ساختارها و رفع مشکلات احتمالی

3- آماده سازی فایل های ورودی برای داکینگ:

ایجاد شبکه انرژی (Grid generation) | تعریف پارامترهای داکینگ

4- انجام داکینگ و آنالیز نتایج:

اجرای نرم افزارهای داکینگ و تولید فایلهای خروجی

تجزیه و تحلیل نتایج داکینگ (Energy score, Binding pose)

ارزیابی کیفیت داکینگ

5- کاربردهای داکینگ مولکولی:

طراحی داروهای جدید

کشف مهارکننده های آنزیم ها

بررسی مکانیسم عمل داروها

طراحی پروتئین های جدید

 زمان و شرایط برگزاری دوره آموزشی

اردیبهشت 1404

تعداد جلسات: ۳ جلسه (۶ ساعت)

نحوه برگزاری : غیرحضوری در بستر اسکای روم

ظرفیت فقط ۲۰ نفر !

امکان ثبت نام به صورت قسطی

 پشتیبانی و منتورینگ دو ماهه در تلگرام

09351245541 (تماس، پیامک، ایتا، تلگرام)

امتیازات دوره آموزشی داکینگ

ارائه گواهی معتبر دو زبانه (زبان انگلیسی) چند مرکزه

 مدرس دوره

دکتر حمید تن زده پناه عضو هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی مشهد

PhD پزشکی مولکولی

اهداف دوره

• آشنایی دانشجویان با اصول و مفاهیم پایه داکینگ مولکولی
• آموزش نرم‌افزارهای رایج در داکینگ مولکولی (MOE)
• توانمندسازی دانشجویان در انجام مطالعات داکینگ مستقل
• تفسیر نتایج داکینگ و ارزیابی کیفیت آنها
• آشنایی با کاربردهای داکینگ در طراحی دارو و کشف ترکیبات جدید

مخاطبان دوره

• دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری رشته‌های داروسازی، شیمی، زیست‌شناسی، بیوتکنولوژی، بیوفیزیک، بیوشیمی، میکروب شناسی و رشته‌های مرتبط
• محققان و پژوهشگرانی که علاقه‌مند به استفاده از داکینگ مولکولی در تحقیقات خود هستند

داکینگ مولکولی Molecular docking چیست؟

داکینگ مولکولی Molecular docking یا اتصال مولکولی یک تکنیک محاسباتی است که به طور گسترده در زمینه‌های بیوشیمی و زیست‌شناسی مولکولی برای پیش‌بینی نحوه تعامل دو یا چند مولکول، مانند یک مولکول دارویی کوچک و یک پروتئین هدف، با یکدیگر استفاده می‌شود. هدف اصلی اتصال مولکولی شناسایی جهت گیری و ترکیب بهینه مولکول های برهم کنش است که می تواند بینش هایی را در مورد میل پیوند و فعالیت بیولوژیکی بالقوه لیگاند (معمولاً یک مولکول کوچک، پپتید یا RNA) به سمت هدف خود (معمولا یک پروتئین) ارائه دهد.

جنبه های کلیدی داکینگ مولکولی:

1. شناسایی محل اتصال: قبل از اتصال، شناسایی محل های اتصال بالقوه روی پروتئین هدف ضروری است. این می تواند شامل استفاده از تکنیک هایی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی یا روش های تجربی مانند کریستالوگرافی اشعه ایکس یا طیف سنجی NMR باشد.

2. الگوریتم های Docking: الگوریتم های مختلفی در داکینگ مولکولی استفاده می شود که به طور کلی به دو نوع اصلی طبقه بندی می شوند:
– Rigid Docking: فرض می کند که گیرنده (پروتئین) در طول اتصال، ساختار را تغییر نمی دهد و در درجه اول بر انعطاف پذیری لیگاند تمرکز می کند.
– Flexible Docking: به لیگاند و گیرنده اجازه می دهد تا ساختار را برای تناسب بهتر با یکدیگر تغییر دهند، که اغلب منجر به پیش بینی های دقیق تر می شود اما به منابع محاسباتی بیشتری نیاز دارد.

3. توابع امتیازدهی: پس از ایجاد ترکیبات احتمالی اتصال، توابع امتیازدهی این وضعیت ها را بر اساس انرژی تعامل پیش بینی شده آنها ارزیابی می کنند. این به رتبه‌بندی این کمک می‌کند که چقدر احتمال دارد که هر ترکیب یک وضعیت اتصال پایدار را در یک محیط بیولوژیکی نشان دهد.

4. ابزارهای تجسم: ابزارهایی مانند PyMOL، Chimera و موارد دیگر معمولاً برای تجسم نتایج اتصال استفاده می‌شوند و به محققان اجازه می‌دهند تا تعاملات را تفسیر کرده و حالت‌های اتصال پیشنهادی را ارزیابی کنند.

5. کاربردها: اتصال مولکولی در کشف و طراحی دارو، مطالعه برهمکنش های آنزیم- سوبسترا، پیش بینی اثرات جهش ها بر عملکرد پروتئین، و کاوش مسیرهای بیوشیمیایی ضروری است.

مشاهده سایر دوره های آموزشی در ساینس بازار

شما پژوهشگران محترم میتوانید با مراجعه به بخش دوره های آموزشی ساینس بازار (کلیک کنید) به طیف وسیعی از دوره های آموزشی برگزار شده در زمینه علوم پزشکی دسترسی پیدا کنید.

دوره جامع پزوهشگر حرفه ای

دوره مقدماتی حفاظت در برابر اشعه

راه من دوره مختص تجهیزات پزشکی