ســــامــــانه مهـــــتـــــا
(مشاور هوشمند تحقیقات اکادمیک)
(مشاور هوشمند تحقیقات اکادمیک)
مدرس: دکتر حمید تن زده پناه
داکینگ مولکولی یکی از ابزارهای قدرتمند در طراحی دارو و کشف ترکیبات جدید است. این تکنیک به محققان اجازه می‌دهد تا تعامل بین مولکول‌های کوچک (مانند داروها) و پروتئین‌ها (مانند آنزیم‌ها یا گیرنده‌ها) را به صورت محاسباتی شبیه‌سازی کنند. با توجه به اهمیت روزافزون داکینگ مولکولی در تحقیقات دارویی و زیست‌شناسی محاسباتی، طراحی یک دوره آموزشی جامع برای دانشجویان طراحی بسیار ضروری است.
دوره آموزشی داکینگ مولکولی Molecular docking توسط عضو هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی مشهد با همکاری دپارتمان آموزشی- پژوهشی ساینس بازار برگرار میشود. داکینگ مولکولی یا اتصال مولکولی نقش مهمی در مراحل اولیه توسعه دارو و تحقیقات زیست‌شناسی مولکولی ایفا می‌کند. شما پژوهشگران محترم و دانشجویان گرامی تحصیلات تکمیلی میتوانید با شرکت در این دوره آموزشی از گواهی معتبر از مرکز زیست فناوری نیز بهره مند شوید.
1- مقدمه ای بر داکینگ مولکولی:
تعريف داکینگ مولکولی و اهمیت آن در طراحی دارو
اصول و مفاهیم پایه تعاملات مولکولی
انواع داکینگ از جمله Rigid docking, Flexible docking, Induced fit docking
نرم افزارهای رایج در داکینگ مولکولی
2- آماده سازی ساختار های مولکولی:
دانلود ساختارهای پروتئین از پایگاه داده های PDB
آماده سازی ساختارهای لیگاند با استفاده از نرم افزارهای شیمیایی
بررسی کیفیت ساختارها و رفع مشکلات احتمالی
3- آماده سازی فایل های ورودی برای داکینگ:
ایجاد شبکه انرژی (Grid generation) | تعریف پارامترهای داکینگ
4- انجام داکینگ و آنالیز نتایج:
اجرای نرم افزارهای داکینگ و تولید فایلهای خروجی
تجزیه و تحلیل نتایج داکینگ (Energy score, Binding pose)
ارزیابی کیفیت داکینگ
5- کاربردهای داکینگ مولکولی:
طراحی داروهای جدید
کشف مهارکننده های آنزیم ها
بررسی مکانیسم عمل داروها
طراحی پروتئین های جدید
اردیبهشت 1404
تعداد جلسات: ۳ جلسه (۶ ساعت)
نحوه برگزاری : غیرحضوری در بستر اسکای روم
ظرفیت فقط ۲۰ نفر !
امکان ثبت نام به صورت قسطی
پشتیبانی و منتورینگ دو ماهه در تلگرام
09351245541 (تماس، پیامک، ایتا، تلگرام)
ارائه گواهی معتبر دو زبانه (زبان انگلیسی) چند مرکزه
دکتر حمید تن زده پناه عضو هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی مشهد
PhD پزشکی مولکولی
• دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری رشته‌های داروسازی، شیمی، زیست‌شناسی، بیوتکنولوژی، بیوفیزیک، بیوشیمی، میکروب شناسی و رشته‌های مرتبط
• محققان و پژوهشگرانی که علاقه‌مند به استفاده از داکینگ مولکولی در تحقیقات خود هستند
داکینگ مولکولی Molecular docking یا اتصال مولکولی یک تکنیک محاسباتی است که به طور گسترده در زمینه‌های بیوشیمی و زیست‌شناسی مولکولی برای پیش‌بینی نحوه تعامل دو یا چند مولکول، مانند یک مولکول دارویی کوچک و یک پروتئین هدف، با یکدیگر استفاده میشود. هدف اصلی اتصال مولکولی شناسایی جهت گیری و ترکیب بهینه مولکول های برهم کنش است که می تواند بینش هایی را در مورد میل پیوند و فعالیت بیولوژیکی بالقوه لیگاند (معمولاً یک مولکول کوچک، پپتید یا RNA) به سمت هدف خود (معمولا یک پروتئین) ارائه دهد.
1. شناسایی محل اتصال: قبل از اتصال، شناسایی محل های اتصال بالقوه روی پروتئین هدف ضروری است. این می تواند شامل استفاده از تکنیک هایی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی یا روش های تجربی مانند کریستالوگرافی اشعه ایکس یا طیف سنجی NMR باشد.
2. الگوریتم های Docking: الگوریتم های مختلفی در داکینگ مولکولی استفاده می شود که به طور کلی به دو نوع اصلی طبقه بندی می شوند:
– Rigid Docking: فرض می کند که گیرنده (پروتئین) در طول اتصال، ساختار را تغییر نمی دهد و در درجه اول بر انعطاف پذیری لیگاند تمرکز می کند.
– Flexible Docking: به لیگاند و گیرنده اجازه می دهد تا ساختار را برای تناسب بهتر با یکدیگر تغییر دهند، که اغلب منجر به پیش بینی های دقیق تر می شود اما به منابع محاسباتی بیشتری نیاز دارد.
3. توابع امتیازدهی: پس از ایجاد ترکیبات احتمالی اتصال، توابع امتیازدهی این وضعیت ها را بر اساس انرژی تعامل پیش بینی شده آنها ارزیابی می کنند. این به رتبه‌بندی این کمک می‌کند که چقدر احتمال دارد که هر ترکیب یک وضعیت اتصال پایدار را در یک محیط بیولوژیکی نشان دهد.
4. ابزارهای تجسم: ابزارهایی مانند PyMOL، Chimera و موارد دیگر معمولاً برای تجسم نتایج اتصال استفاده می‌شوند و به محققان اجازه می‌دهند تا تعاملات را تفسیر کرده و حالت‌های اتصال پیشنهادی را ارزیابی کنند.
5. کاربردها: اتصال مولکولی در کشف و طراحی دارو، مطالعه برهمکنش های آنزیم- سوبسترا، پیش بینی اثرات جهش ها بر عملکرد پروتئین، و کاوش مسیرهای بیوشیمیایی ضروری است.
شما پژوهشگران محترم میتوانید با مراجعه به بخش دوره های آموزشی ساینس بازار (کلیک کنید) به طیف وسیعی از دوره های آموزشی برگزار شده در زمینه علوم پزشکی دسترسی پیدا کنید.
دوره مقدماتی حفاظت در برابر اشعه
راه من دوره مختص تجهیزات پزشکی
دکتر حمید تن زده پناه
عضو هیئت علمی دانشگاه علوم پزشکی مشهد
پس از گذراندن دوره، گواهی‌نامهٔ پایان دوره به‌صورت قابل دانلود در پنل کاربری سایت ساینس بازار در اختیار شما قرار می‌گیرد. گواهی‌نامهٔ رسمی پایان دوره توسط ساینس بازار به نام شما صادر میشود.
هنوز دیدگاهی ثبت نشده است.